Nel corridoio d'accesso all'antica sacrestia si possono ammirare i paramenti in seta nera, usati durante le solenni cerimonie funebri, e gli ex voto: piccoli doni, ancora oggi lasciati accanto ai teschi dell'ipogeo, segno di una devozione popolare che non si è mai spenta.
La sacrestia, cuore del piccolo Museo dell'Opera, conserva ancora l'originale eleganza, con i grandi armadi lignei, realizzati nel 1827 da Michele Guggenberger su disegno di Giovan Giuseppe del Gaizo, su cui spicca la Madonna della Purità, antica copia di un celebre dipinto di Luis De Morales conservato nella chiesa di San Paolo Maggiore.
Qui, tra luci soffuse e atmosfere raccolte, una preziosa collezione racconta la vita dell'Opera Pia, la confraternita che per secoli ha custodito il Complesso monumentale: calici, libri di preghiere ornati d'argento, paramenti riccamente ricamati testimoniano una religiosità fatta di gesti ripetuti, cure silenziose, attenzioni minuziose, spesso affidate alle donne, vere custodi della devozione domestica e comunitaria.
Nell'Oratorio dell'Immacolata, annesso al Museo, le pareti accolgono splendidi dipinti del Sei e Settecento.