Nel presbiterio, il Barocco dà spettacolo: come in una scena teatrale, ogni elemento dialoga con l'altro e attira lo sguardo verso l'altare. La preziosa decorazione in marmi intarsiati, realizzata tra il 1651 e il 1669 da Dioniso Lazzari, crea nei coretti e nella balaustra di accesso un illusionistico gioco di pieni e vuoti, ottenuto grazie al contrasto fra marmi bianchi e neri.
La scultura a sinistra, opera di Andrea Falcone (1672), ritrae Giulio Mastrilli, tra i principali benefattori della chiesa, mentre, inginocchio e con gesto devoto, invita la Vergine ad accogliere le preghiere dei fedeli. Ed è sempre la figura femminile di Maria che, nella luminosa pala d'altare di Massimo Stanzione (1638-1642), nel suo ruolo di mediatrice e protettrice, indica le anime del Purgatorio degne di salvezza agli angeli che ne sollevano i corpi nudi dalle fiamme, mentre, più in alto, la tela di Giacomo Farelli (1670), con Sant'Anna che offre la Vergine bambina al Padre Eterno, completa il racconto di speranza e intercessione.
Sulla parete di fondo, dietro l'altare settecentesco, si cela il celebre Teschio alato di Lazzari, potente simbolo della caducità umana, del confine tra il mondo dei vivi e quello dei morti, a ricordare che la morte non è una fine, ma un passaggio.